No Ensino Fundamental II, da 6º ao 9º Ano, a proposta pedagógica do CELC privilegia o desenvolvimento de aprendizagens significativas, através de atividades dinâmicas, interativas, reflexivas e dialogais que permitem ao aluno perceber-se como sujeito ativo, capaz de aprender a conhecer, fazer, conviver e ser. Nesta perspectiva o professor assume a função de mediador na interação do aluno com os conteúdos socialmente construídos das diversas áreas de conhecimento, orientando e direcionando o processo de apropriação do conhecimento de maneira sistemática e aprofundada e possibilitando o desenvolvimento da autonomia cognitiva e relacional.
Essa etapa de desenvolvimento dos alunos, em torno dos 10 aos 14 anos, envolve muitas transformações biológicas, cognitivas, relacionais e afetivas, próprias da passagem da infância para a adolescência, de um pensamento sustentado em situações e objetos concretos para um pensamento ampliado e articulado por vários conceitos, ideias, hipóteses, visões, possibilidades e conclusões. O aluno avança na autonomia em seu estudo individual com um professor para cada disciplina, e, ao mesmo tempo, gradativamente, na ampliação dos vínculos de amizade e fortalecimento dos relacionamentos com os colegas.